Reeds vanaf eind 2004 is de Stichting Maatschappij van Weldadigheid met haar bosbezit gecertificeerd onder de FSC door deel te nemen aan de groepscertificering van de Unie van Bosgroepen. Met het FSC-certificaat en de eisen die door de Forest Stewardship Council worden gesteld toont de Stichting Maatschappij van Weldadigheid aan dat haar bosbeheer wordt uitgevoerd op een duurzame en verantwoorde manier. Met regelmaat controleren onafhankelijke instanties of de certificaathouder haar bos beheert zoals dit in het goedgekeurde plan is vastgelegd. Goed bosbeheer bestaat volgens de FSC uit de balans tussen natuur, sociale aspecten en economische belangen.
Het eigendom van de Stichting Maatschappij van Weldadigheid bestaat uit de landgoederen Boschoord én Frederiksoord en Wilhelminaoord, daarnaast ligt er nog een bosperceel nabij Vledder. Grotendeels liggen deze terreinen in de gemeente Westerveld in de provincie Drenthe. Een klein deel van landgoed Boschoord (ca. 7 hectare) ligt in de gemeente Ooststellingwerf in de provincie Friesland. Het bosareaal bedraagt in haar totaliteit ongeveer 680 hectare. Dit bosareaal is afgenomen in 2018 als gevolg van boskap in het kader van een Life+ project waarbij bos heeft plaats gemaakt voor de uitbreiding en ontwikkeling van het heideareaal.
De vastgelegde doelstelling in het bosbeheerplan luidt als volgt; “Het beheren en onderhouden van de landgoederen om het cultuurhistorisch erfgoed in stand te houden zoals het destijds is aangelegd en bebouwd”. In het bosbeheer dient rekening te worden gehouden met de verschillende functies die een bos kan vervullen. De belangrijkste doelstelling binnen het bosbeheer is houtproductie. Er wordt echter nooit meer geoogst dan er jaarlijks bijgroeit.
In de beheerplanperiode van 2007-2017 zijn een aantal streefbeelden vastgesteld waaraan wordt gewerkt. Ten opzichte van de inventarisatie in 2018 dient in de komende planperiode de oppervlakte gemengd bos en inheems bos niet af te nemen. Door het uitvoeren van variabele dunningen moet het aandeel structuurrijk bos toenemen.
In het verleden is er veelal ingegrepen door middel van laagdunningen, door meer in te zetten op hoogdunning, verjongingskap en variabele dunning dient de houtoogst van gemiddeld jaarlijks 5 kubieke meter per hectare per jaar naar 7-9 kubieke meter per hectare per jaar te stijgen.
In het beheerplan is het eigendom opgedeeld in werkblokken waarin volgens een vaste systematiek en planning de werkzaamheden worden uitgevoerd.